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いくらか使えたEZR [統計学もどき]

あんまり奥村教授のところのお世話にはなりたくなかったのですが、EZRがなんぼか使えたので記念撮影しました。

EGR-X2検定.png

2×2の表,オッズ比,相対危険度
http://oku.edu.mie-u.ac.jp/~okumura/stat/2by2.html
----------------------------------------------------------------------------------------
カイ2乗検定による方法
これはオッズ比などを求めるものではありませんが,行・列の独立性の検定をします。デフォルトでは連続性の補正をします。

> chisq.test(x) # 補正あり

Pearson's Chi-squared test with Yates' continuity correction

data: x
X-squared = 3.4808, df = 1, p-value = 0.06208

> chisq.test(x, correct=FALSE) # 補正なし

Pearson's Chi-squared test

data: x
X-squared = 4.8577, df = 1, p-value = 0.02752
補正あり・なしで p 値はそれぞれ 0.06208,0.02752 です。
----------------------------------------------------------------------------------------
EZRの上のフォームに1行づつ入力して実行ボタンを押すと、ちゃんと同じ数値が出ましたね。
ちょうど「統計のはなし」で読んでるX(カイ)2乗検定の部分で
X-squared  カイ2乗値が 4.8577、 df  自由度が1  p-value P値が 0.02752
ちゅうとこなんでしょうが、まだ説明はできません。

 これだけではあまりにも芸がないので、数値や言葉をこの前の茨城のケースに変えてみました。
 まあ単純なオッズ比はエクセルと同じなのは当然ですが、フィッシャーテストとやらのオッズ比も近い数字が出ました。カイ2乗値がやたらでかい。
EZR-X2テスト.png

このままの数値で放置しておくわけにいかないので、追記します。
先月ツイッターで見つけた『生活の党』を支援する道民の会(浜菊会)さんのブログで津田先生のオッズ比についてツイッターをまとめたものです。
http://blog.goo.ne.jp/hamagikukai/e/df8da73b1f964e21eb0cf501d70256e1
こちらの方にもあります。
http://blog.goo.ne.jp/hamagikukai/e/c5f58cfc1c97a05bb73f02cb922e1928
「②がんセンター数値の年少罹患率、男0.06、女性0.12を基本とし、スクリーニング効果100倍を見積もって、18/十万とする。因みにこれは全年齢の女性(男性より何倍か好発傾向)における年齢調節罹患率よりも高い。よって、対照群は、甲状腺癌アリ18、ナシ99982、となる。」

これを使わせていただいて、暴露なしを「甲状腺癌アリ18、ナシ99982」として再びEZRを試すと
EZR-X2テスト2.png
カイ2乗検定、Fisherの正確検定の数値もまともになりました。
スクリーニング効果を認めるわけではないのですが、暴露なしデータがはっきりしませんので、事故前全国平均を使わずに緩めに数値を見ても、事故後の甲状腺がんの発病は危険水域です。
あ これは茨城のデータです。
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ryu-ron

結局また張り切ってしまいましたが、記事数を切りよく160にしました。
200まではまだかなりかかりそうです。

気長にいきます。
by ryu-ron (2015-11-28 17:41) 

ryu-ron

浜菊会さん
http://blog.goo.ne.jp/hamagikukai/e/df8da73b1f964e21eb0cf501d70256e1
③結果(手計算)は、オッズ比1.91、95%信頼区間1.156ー3.148、カイ二乗検定で5%水準で有意差あり(2%水準でも有意)だった。100倍のほぼ想定困難な条件であっても、福島の103例の甲状腺癌は多い、ということだ。

エクセルで計算すると

曝露あり 曝露なし 事故後福島 事故前全国  オッズ比
103  18 299897   99982 1.907719058
下限    上限
1.156199541   3.147719641

ぴったんこです。さすがです。
by ryu-ron (2015-11-29 11:20) 

ryu-ron

OurPlanetTVの白石草さんからの情報

https://twitter.com/hamemen/status/670604809230159872

Epidemiology誌に掲載された津田論文に対し、福島県立医大がLetterを出し受理されたとのこと。一月経つが、電子版への掲載はまだ。

それにしても、スクリーング効果は否定されているし、自ら過剰診断ですとは言えないし、どんな内容か気になる。月曜日に聞く。

IWJのインタビューがなかなか出てきませんが、医大の動きにも注目しておきましょう。
by ryu-ron (2015-11-29 12:20) 

ryu-ron

津田敏秀先生の「有病オッズ比」問題
http://oku.edu.mie-u.ac.jp/~okumura/stat/141223.html

この中で奥村教授が何をいいたいのかは、いくらかはわかってきているのですが、津田先生は無視されるでしょうね。

岡山大学チーム原著論文に対する指摘・批判への、津田敏秀氏による回答集その2
http://fukushimavoice2.blogspot.jp/2015/10/blog-post_30.html
下の方の
回答付記:Jacob らの論文 (2014) の内容について

「Jacob らの論文 (2014) は、結構難しげな数式(モデルと呼ばれます)がいくつも並んでいますので、何となく高尚に思えて信頼してしまう一方、熟読する気分にはなれなくなります。従って、中身をきちんと読まれた方は少ないでしょう。Jacob らの論文は実に大雑把なモデルに過ぎませんが、たとえいくら精密なモデルを構築して電子計算機で計算しても、Jacob らの論文のように前提が間違っていれば、その結果も間違っており、役に立ちません。従って、そのような間違った前提から得られた予測数と福島での値とを比較して「変わらない」と結論したところで、何の意味も無いわけです。Jacob らの論文は他にも指摘すべき点がありますが、このような単純な前提の間違いは、英語さえ分かれば誰にでも結構簡単に見つけられます。Jacob らは疫学研究者でいらっしゃらなさそうですが、前提がまちがっていることにも気づいておられないかのような論文です。モデルに頼る研究の落とし穴かもしれません。」

指摘している論文とは無関係ですが、オッズ比や検定のテストのことをとやかくいっても、福島の現実を解決するのは、統計ソフトでも、スクリーニング効果でちょっと安心させる数字の操りでもないということですね。
奥村教授も「モデルに頼る研究の落とし穴」から抜け出せないのでしょう。

回答付記の部分に

「ここで、高濃度汚染地域の住民での甲状腺がん多発のデータからどうやって非汚染地区の甲状腺がん症例の人数を求めたかといいますと、対象者個々人の推定被ばく量を横軸に、甲状腺がんが見つかったかどうかを縦軸に位置づけて、ロジットモデルという曲線で線引きする方法(ロジスティック回帰分析とも言ったりします)を用いて、(小学校の頃は定規を当てて直線を引いたのですが)線をまず引きます。そして、この線を被ばく量ゼロまで延長して甲状腺がんが見つかる確率を推定したのです。推定値なので、人数に小数点下 1 桁まで数字が付いていて、しかも 95%信頼区間が付いています。従って、この数字が実際に非汚染地域の人数を数え上げた数字ではないことが分かります。ここで注意しておきたいのは、福島県の検診対象者と同じ事故時 18 歳以下のデータから線引きの延長で推定された数字とはいえ、事故から 12 年から 14 年後の非曝露者での甲状腺がん予測数を得ているわけです。」

一見ロジスティック回帰分析を否定しているように見えますが、問題なのは、
「事故から 12 年から 14 年後の非曝露者での甲状腺がん予測数を得ている」点であって、分析の手法ではないと見ていいでしょう。

1年以上前に福島の甲状腺がんを放射線被ばくによるものと断定した事例
http://ryukei-rondan.blog.so-net.ne.jp/2015-11-12
で紹介した山本英彦医師の手法に問題があるということにはなりません。

by ryu-ron (2015-11-29 15:26) 

ryu-ron

統計ネタもあんまりかけそうにありませんが、「統計のはなし」も大体読んで、一部はまたの機会に残していったん返して、今、ふとんの中では弁当屋統計技師を読みなおしています。

すぐ眠たくなってしまうのですが、本を置いてしまうとまた目が覚める。早朝覚醒なんですかね。
年末ストレスもたまり出す。睡眠不足に気をつけるとします。
by ryu-ron (2015-11-30 08:48) 

ryu-ron

岩上さんところも取材対象が増えたので大変でしょうね。
今日は
第21回「県民健康調査」検討委員会
http://iwj.co.jp/channels/main/channel.php?CN=9
もあります。

先ほどのデービス博士の反論は、先月出てましたから、津田先生もインタビューで反論したのではないかと思われます。
by ryu-ron (2015-11-30 13:15) 

ryu-ron

なんだか見てもわからん資料
https://www.pref.fukushima.lg.jp/uploaded/attachment/142142.pdf
白石さん
https://twitter.com/hamemen
平沼さん
https://twitter.com/YuriHiranuma
を見た方が早いかも。
いずれにせよ甲状腺がん確定が15人は増えた。

あ 厚生労働省がこんなの出してます。
http://www.mhlw.go.jp/new-info/kobetu/roudou/gyousei/rousai/dl/130726_3-05.pdf
統計学と言うか疫学の勉強になりますが、ページが多い。
by ryu-ron (2015-11-30 14:21) 

ryu-ron

さきほどの15人は、手術をした確定数ですが、悪性・悪性疑い39 人です。
どう説明するのだ。
まだ時期尚早で逃げるつもりか。どあほ。
by ryu-ron (2015-11-30 15:08) 

ryu-ron

お 報ステが来ている。
https://twitter.com/YuriHiranuma/status/671226839017238528

津田先生にインタビューして、今日いっしょに流してくれ。
by ryu-ron (2015-11-30 16:21) 

ryu-ron

甲状腺がんと放射線被ばくに関する医学的知見について
ですが、1ページめに

また、新たに判明したこととして、低線量では、被ばく線量区分を 0 から 0.15 Gyまで上げたところから統計的に有意な線量反応が認められた。検討したすべての組織型群について発がんリスクの増加が示唆された。

グレイで出してますが、0.8かけて0.52シーベルト 数年かかってこの数字なのか?どの部位に、β線、γ線、α線と線種にもよるけど、どういう分析の仕方をしたら認めるのか、参考になるでしょう。
うーん 正月にじっくり読むか。
by ryu-ron (2015-11-30 16:43) 

ryu-ron

今日ご活躍の白石さんと広瀬隆さんの対談
http://diamond.jp/articles/-/81865

うう うれしいなあ。

岡山県には、ウラン採掘をしてきた人形峠があって、高レベル放射性廃棄物の最終処分場の候補地でもあり、岡山大学の研究者が、以前から、中皮腫など肺にできる癌は、吸い込んだアスベストにより肺に放射性物質のラジウムがたまって“ホットスポット”ができる、という重要な研究結果を発表してきたので、私は、知っています。

もっと拡散してください。
by ryu-ron (2015-11-30 17:30) 

ryu-ron

裏のドラマを見てたら、いつのまにかやってて終わりの30秒しか見れんかった。残念。

https://twitter.com/yuiyuiyui11/status/671324649150529536

朝日は朝刊の全国版では扱わなったらしく九州では見れんかった。
by ryu-ron (2015-12-01 08:51) 

ryu-ron

新聞はこれね。もういいか全部いっちゃえ。

福島の11人、新たに甲状腺がんと診断 合計115人に
http://www.asahi.com/articles/ASHCZ61VFHCZUGTB00P.html

福島県は30日、東京電力福島第一原発事故当時18歳以下だった約38万人を対象に実施している甲状腺検査で、今年7月から9月末までの3カ月間に11人が新たにがんと診断されたと発表した。甲状腺がんが確定したのは合計115人になった。

 昨年3月末までの1巡目検査でがんの疑いがあると診断され、手術を受けた2人と、昨年4月以降の2巡目検査でがんの疑いが見つかり手術を受けた9人が新たにがんと確定した。1巡目検査の2人は、本人の都合で確定診断に必要な手術がこの時期になった。

 これで、がんが確定したか疑いがあるとされた人は1巡目114人、2巡目39人で計153人になった。2巡目でがんや疑いがあると診断された39人のうち、2人は、1巡目検査で一定の大きさ以上のしこり(結節)があり、それががん化したとみられるという。19人は1巡目検査では「何もない」とされており、新たにがんが発生したと考えられるという。

 県検討委員会の星北斗座長は「分かる範囲では、推定される福島県民の甲状腺の内部被曝(ひばく)線量はチェルノブイリの住民より低く、放射線の影響を受けやすい乳幼児にがんが発生していないことから、今見つかっている甲状腺がんは放射線の影響とは考えにくい」と述べた。(大岩ゆり)

by ryu-ron (2015-12-01 09:03) 

ryu-ron

こちら毎日
http://mainichi.jp/select/news/20151201k0000m040067000c.html


福島県:甲状腺がん9人増 2巡目で計15人…18歳以下

毎日新聞 2015年11月30日 20時43分(最終更新 11月30日 22時02分)


 東京電力福島第1原発事故後、福島県が当時18歳以下の子供らを対象に行っている県民健康調査で、県は30日、1巡目の甲状腺検査で「がん」や「がんの疑い」と診断されなかった子供のうち、9月末時点の2巡目の検査で新たに9人ががんと診断されたことを明らかにした。2巡目でがんと確定したのはこれで計15人となった。がんの疑いも5人増えて24人となった。
有識者でつくる県の検討委員会で報告された。検討委の星北斗座長は「チェルノブイリの原発事故に比べ被ばく線量が少なく、事故当時5歳以下の発症がないことなどから、これまでと同じく放射線の影響は考えにくい」と評価した。2巡目の検査は昨年4月から始まり、対象者約38万人のうち今年9月末までに約18万人分の検査結果が確定している。

 1巡目の検査は今年4月末までに対象者約37万人のうち約30万人が受けた。前回発表の6月末時点で甲状腺がんと診断されたのは98人だったが、9月末時点で2人増えて100人になり、13人ががんの疑いがあるという。【岡田英】

なんでこんなに人数に混乱があるのだ。
15人は手術でわかったケースなので、まちがいない数字のはずだが。
by ryu-ron (2015-12-01 10:03) 

ryu-ron

朝日は、伊方の世論調査を載せたから、福島カットにしたのかな。
九州、四国、中国となると、甲状腺がんに関心を持つ人がへるけど、伊方も再稼働反対が減ってきている。
せめて愛媛県で6割以上反対しないとだめですねえ。

ま いずれにせよ仕事モードでいきますので、いろいろいいたいのも我慢せねば。
by ryu-ron (2015-12-01 10:17) 

ryu-ron

報ステ 動画もあります。
https://twitter.com/nanasayo/status/671466821430542336

夕方見よう。
by ryu-ron (2015-12-01 10:23) 

ryu-ron

コメントはここに集中させましょう。先ほどの伊方の世論調査

http://www.asahi.com/articles/ASHCY5H2THCYPFIB00H.html

「反対」41%が「賛成」35%

反対は6割超えないとだめだわ。
by ryu-ron (2015-12-01 12:03) 

ryu-ron

動画ある程度みました。床次委員を応援せんといかんですね。
やっと内部被ばくに目を向け出した。でもデータがないで逃げる。
ええかげんにせんかい。
by ryu-ron (2015-12-01 12:18) 

ryu-ron

アワプラの白石さん 丁寧にまとめていただいてます。
http://www.ourplanet-tv.org/?q=node/2004

甲状腺がんは治りやすいというけど、転移して死にいたることもあるんだから、早期に手を打つべきです。
by ryu-ron (2015-12-01 15:46) 

ryu-ron

コメンテーター木村さんの発言もなかなかよかったですね。
もっと切り込んでほしいが、TBS岸井さんもあぶなくなってきてるので、古館ちゃんも慎重にならざるを得ないのか?

とにかくアベのやることはえげつない。
by ryu-ron (2015-12-01 15:53) 

ryu-ron

事故前の全国水準をつかうとあきらかに異常値が出て、統計学的にはおかしいと言われる。

百歩いや一万歩ぐらい譲って、数値を多めにして始めて、R使った諸々の検定でまともな数字が出る。
津田先生のご苦労が偲ばれますが、めったにおきない症例と言うことであるならば、ポアソン分布だけの結果で押し切ってもいいような気はしますね。
なんて、この頃始めたばかりの人間が言えるこっちゃありませんが。

EZR使ってロジスティック回帰分析に挑戦したいのですが、どこをどう書き替えたらいいやらわかりません。
こんなところにもサンプルはあるのですが
http://nakhirot.hatenablog.com/entry/2013/04/24/153806

> library(MASS)

> head(housing)
Sat Infl Type Cont Freq
1 Low Low Tower Low 21
2 Medium Low Tower Low 21
3 High Low Tower Low 28
4 Low Medium Tower Low 34
5 Medium Medium Tower Low 22
6 High Medium Tower Low 36

> glm(formula = Sat ~ Cont, data = housing, weight = Freq, family = binomial)

Call: glm(formula = Sat ~ Cont, family = binomial, data = housing,
weights = Freq)

Coefficients:
(Intercept) Cont[T.High]
0.5431 0.2333

Degrees of Freedom: 71 Total (i.e. Null); 70 Residual
Null Deviance: 2149
Residual Deviance: 2144 AIC: 2148

これが何を意味しているかわかるまでにかなり時間がかかりそうなので、当面あきらめております。
by ryu-ron (2015-12-01 16:17) 

ryu-ron

富山大 林先生
https://twitter.com/SciCom_hayashi/status/671538022123343872

この1mSv未満を暴露なしにして、1から2、2から5を曝露ありとしてそれぞれRで試すと

> x = matrix(c(11,8,145455,283286), nrow=2)

> rownames(x) = c("暴露あり","暴露なし")

> colnames(x) = c("甲状腺がんあり","甲状腺がんなし")

> x
甲状腺がんあり 甲状腺がんなし
暴露あり 11 145455
暴露なし 8 283286

> chisq.test(x, correct=FALSE) # 補正なし

Pearson's Chi-squared test

data: x
X-squared = 4.8691, df = 1, p-value = 0.02734


> fisher.test(x)

Fisher's Exact Test for Count Data

data: x
p-value = 0.04876
alternative hypothesis: true odds ratio is not equal to 1
95 percent confidence interval:
0.9810778 7.6697680
sample estimates:
odds ratio
2.677931


> x = matrix(c(4,8,27327,283286), nrow=2)

> rownames(x) = c("暴露あり","暴露なし")

> colnames(x) = c("甲状腺がんあり","甲状腺がんなし")

> x
甲状腺がんあり 甲状腺がんなし
暴露あり 4 27327
暴露なし 8 283286

> chisq.test(x, correct=FALSE) # 補正なし

Pearson's Chi-squared test

data: x
X-squared = 9.002, df = 1, p-value = 0.002697


> fisher.test(x)

Fisher's Exact Test for Count Data

data: x
p-value = 0.01666
alternative hypothesis: true odds ratio is not equal to 1
95 percent confidence interval:
1.14211 19.34792
sample estimates:
odds ratio
5.183215

いずれもP値5パーセント未満、エクセルの95パーセント信頼区間の下限もどちらも1を超え”有意”であるとなる。
文句があるのか、ムラのやつら。

by ryu-ron (2015-12-01 17:34) 

ryu-ron

おっと1から2mSvとの比較で

95 percent confidence interval:
0.9810778 7.6697680

フィッシャーさんの検定結果の95%下限が1を切ってますが、こんなのは誤差の範囲でしょう。津田先生の計算では1を超えてます。

ムラのやつらは、1mSv未満は被曝にはいらんと考えるぐらいだから、曝露なしにしてやったとしても、283286のうち8人もいたら異常な数字だ。
そこをまったくわかろうとしない。
by ryu-ron (2015-12-01 18:03) 

ryu-ron

こちらも非常に詳しく書いて下さってます。
http://www.sting-wl.com/fukushima-children7.html
【最新】福島の甲状腺がん緊急特集→子供達を襲った被害の全貌は?

津田先生インタビューですが、どうも岩上さんの体調がよろしくないようです。ご自愛下さい。
https://twitter.com/iwakamiyasumi/status/671637221447852032
by ryu-ron (2015-12-02 08:43) 

ryu-ron

牧野先生のひとこと

https://twitter.com/jun_makino/status/671233706799927296
これは実際の値と2倍ほど違い、統計的にも有意差がある。なので、 「本格検査ではなぜか先行検査と年齢分布が違う」または 「先行検査で手術したものは放置しておけば本格検査では見つからない」 がありそうである、ということになる。

全体をみないとどの資料のことかはわからないのですが、「統計的にも有意差がある。」の部分だけとっても、やはり、事故の影響と言えますねえ。
by ryu-ron (2015-12-02 10:22) 

ryu-ron

こんなツイッターをみると、この国の悲しい現実をみてしまいますねえ。
https://twitter.com/kanna07409

なぜがんにかかった側の気持ちになってあげないのでしょう。
不安をあおると言っても、ほんとに癌で手術してるし、毎回検査するたびに増えているんだから。
by ryu-ron (2015-12-02 12:38) 

ryu-ron

腹立つやっちゃな。
https://twitter.com/kikumaco/status/671669315511320576
なにを根拠にでたらめといえるのか?
学者とはいえんな。
ま、つぶやく内容の1/4は「でたらめ」です。というからこの投稿自体でたらめなんだね。
by ryu-ron (2015-12-02 15:10) 

ryu-ron

なんだよ、ここでも津田先生の批判をしてるのか。
https://ndrecovery.niph.go.jp/?record_id=902&mode=index

津田敏秀先生の「有病オッズ比」問題
なんで奥村教授の見解をひっぱってきてんだ。

ほんとにムラをあげて潰そうとしてるな。
by ryu-ron (2015-12-02 15:23) 

ryu-ron

お医者さんのツイッターです。
https://twitter.com/dctr_k

2)「医学的根拠」は、狭い経験主義に基く「直感」に求められるべきものではなく、また実験等による機序の証明が絶対要件でもない。数値化された臨床データを統計学的に処理した結果にこそ求められるべきなのだ。「有意な多発があり、原因は被曝と考えられる」とする疫学上の見解が尊重されるべきだ。

ずばり津田先生のご意見。
by ryu-ron (2015-12-02 17:25) 

ryu-ron

キクマコさんらがけちをつけているあの線量評価の表ですが、100万人換算してグラフにするとみごとに右肩上がりの線になります。
こういうのを相関関係にあるというのでしょうが、正式にテストしようと思うとこれまたけっこうたいへんで
http://monge.tec.fukuoka-u.ac.jp/r_analysis/descriptive_correlation00.html

このあたりを見ながら夕方ちょこっとEZRで試してみますかな。
by ryu-ron (2015-12-03 08:52) 

ryu-ron

今日の朝日の朝刊あれは科学欄なのか、被曝問題で、甲状腺がんと白内障を取り上げているのだが、村の数値だけで判断してて朝日らしさはどっかいってましたね。
ネット記事になってるはずだけど、探す時間がもったいないのでやめておきます。

確率と言うかポアソン分布の話ですが
http://eprints.lib.hokudai.ac.jp/dspace/bitstream/2115/49477/3/kubostat2008b.pdf
大学の講義資料ですが、Rを使って試しているのと、最尤法も説明してるので印刷して読みこんでみることにしました。
Rのサンプルは、PDFの場合はコピペがおかしくなるのか、まあ私がわかってないだけでしょうが、エラーが出てうまくいかなかったけど、まずは内容の理解からでしょうね。

確率論の本格的な本に名著の誉れ高い
確率論 (岩波基礎数学選書)  伊藤 清 (著)
がありますが、アマゾンレビューも
http://www.amazon.co.jp/product-reviews/400007816X/ref=cm_cr_dp_see_all_btm?ie=UTF8&showViewpoints=1&sortBy=bySubmissionDateDescending
皆さん満点をつけてますね。
まあ私が読んでわかるしろものではないでしょうが、いつか県立図書館に行くことがあったら拝ませていただきましょう。
リクエストしてまで借りるのは、まだ辞めておいた方がいいでしょうね。
by ryu-ron (2015-12-10 10:00) 

ryu-ron

あれま、こっちに書いてしまっていたか。まあいいか。
まあいずれにせよ、確率のはなしを明日からふとん読書で読みこんでいかねばなりません。といってもすぐ眠ってしまうと思うのですが、大村平さんの本はわりと目が開いております。ただ来週はかなり残業せんといかんだろうなあ。
ドラマの最終回は録画しておかんといかんか。
by ryu-ron (2015-12-10 10:09) 

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