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RでStanとやらを使うつもり [統計学もどき]

もう2年以上前になるのですが

RでJAGSとやらを使うつもり 
https://ryukei-rondan.blog.so-net.ne.jp/2016-04-23

を書いたきりそのままになっておりました。統計学検定はどうなったと聞かれるのが怖く黙っておりましたが、受けておりません。まあ挫折に近い状態ではあるのですが、モンテカルロ法だけは気になってツイッターのプロフィールに書いてはみたものの、これまた1年経過するも やってません

まあねえ、加計問題が忙しくてそれどころじゃありませんと開き直ることもできるのですが、最近、セシウムボール関連で新しい情報が出てきだしたので、このままやるやる詐欺状態ではいけないと思い、

すんのかい せんのかい
すんのかい せんのかい
すんのかい せんのかい
すんのかい せんのかい

を千回繰り返して、とりあえずなにか使える環境を構えてから、昨日、今日とあれこれ試して、だめだったらあきらめようと思って、なんとか動いたのがRでStanのサンプルです。
結局 古いバージョンのRではRstan というパッケージが読みこめず、Rそのものを最新のものにして

Rstan でベイズ分析を行うための環境を作る方法メモ
http://hikaru1122.hatenadiary.jp/entry/2015/08/04/230000

こちらを参考にさせていただいてチャレンジしたところ、なんとかインストはできたようにある。
こちらのサイトにはありがたいことに本を買ってなくても試せるサンプルがある。
https://www.asakura.co.jp/books/isbn/978-4-254-12212-1/

いちおう書いてるとおりにやってみたのですがエラーが出た。

file(filename, "r", encoding = encoding) で:
ファイル 'data612.R' を開くことができません: No such file or directory
> scr<-"model612.stan"
> data <-list(N=N, x=x)
エラー: オブジェクト 'N' がありません

ああなるほどどうやら文字コードの問題だったようですね。また時間のある時にチャレンジしてみましょう。

一応 失敗ですが、なんか形になった記念にとったキャプチャをさらしておきます。
RStan.png

その後必要なファイルをマイドキュメントに全部コピーしたらうまくいきました。
stan成功.png

で 検索してましたら原子力安全推進協会の報告書が出てきました。
http://www.genanshin.jp/archive/praparameterstudy/data/JANSI-SPE-01.pdf

目次の9ページ

ベイズ統計ソフトの一つである Stan[8]では、ハミルトニアンモンテカルロ法(HMC 法、またはハイブリッドモンテカルロ法)[9]と呼ばれる手法を用いてこれらの問題に対処している。HMC 法は、解析力学におけるエネルギーを一般化座標と一般化運動量であらわすハミルトニアンを、確率分布と補助の任意の運動エネルギーを導入することで構築しており、このハミルトニアンの特性を利用して、高い採択確率や低い自己相関を持つサンプルを生成することを可能としている。

結果 Stanを使って正解のような感じですねえ。

これでなんとかなるというものではないのですが、どうもセシウムボールの内部被ばく あのICRPもバイスタンダー効果を認めざるを得ない状態になってるようです。
http://anshin-kagaku.news.coocan.jp/hobutsu2018.1satoh.ppt.pdf
15ージの下のまとめです。
baisutanda-.png

気が付いたらもう12月の2日になってしまって、ブログも月1維持がやっとの状態ですが、これも原発再稼働反対、福島被ばく問題に対する安倍政権への抵抗の証として、3日のアベ政治の日にアップすることにします。
sho_fj.jpg
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ryu-ron

ハミルトニアンと言うのどっちかといえば物理の世界なんですね。
https://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%83%8F%E3%83%9F%E3%83%AB%E3%83%88%E3%83%8B%E3%82%A2%E3%83%B3
またこの数式と格闘しだしたら、使いだすのが1年以上先になりそうなので、取りあえずサンプル動かして目を馴らしていきます。
by ryu-ron (2018-12-04 09:14) 

山口太郎

KSUは公募の基礎評価型、実質倍率9.9倍から10.3倍にアップ。他のまとな私大も高い倍率ですから加計だけが置いてけぼり状態ですね。加計獣医課程の入学者はゆるゆるの公募の人が多くから、教員は絶望感さえ感じているのでは、まあ、1期生は多浪生で少しはましな学生いたかもしれませんが。今年以降は、獣医予備校も加計は勧めない所があるようですし。
KSUは10月と12月の京大と共催との日本学術会議を無事にとり行うことや入試でピリピリしています。益川先生はKSUが獣医学部構想した時代にずっと理事(取締役)でしたし、京大ips研と太いパイプと言うか、京大再生医科学研究所の永田先生が京産のライフサイエンス学部を本格立ち上げしていますが、京大退官組の二人はリベラルなので、安倍さんの考え方とは相性悪いです。大学幹部の多くは政治的に無視透明、もしくは保守寄り(自民や野党だと前原さん寄り)ですが、自然科学系は京大退官組及びその人脈で来てもらった旧帝退官組が強いので、そう言う教授陣は世代的にだいたいリベラルですね。
by 山口太郎 (2018-12-08 14:23) 

ryu-ron

山口さん こんにちは。ツイ禁にしてるのですが、ブログも更新は年明け20日以降にしようと思ってます。
ちと締め切りのある仕事がそのあたりにありまして。

KSU期待してます。
最近こういうことにこだわってきました。
https://eprints.lib.hokudai.ac.jp/dspace/bitstream/2115/41977/1/130_43-54.pdf

DNAとハミルトニアンがずばり出てきた。京産大にもぐりこんで勉強したいが入れてくれませんね。
by ryu-ron (2018-12-12 09:13) 

ryu-ron

山口さん その獣医専門予備校の情報どこかにでておりますか?

現実を知らずにむなしい擁護をしている一群の人たちに知らせてあげねば。
by ryu-ron (2018-12-12 12:13) 

ryu-ron

仕事が忙しいといいながら集中できてないなあ。

中皮腫の発癌機構の解明と新規治療法開発
https://www.kawasaki-m.ac.jp/med/kenkyu/document/51717.pdf

探していた者が見つかったので、どっかに置いておかねばとここに書かせてもらいました。

岡山大学のラジウムホットスポット説の科研費でやった実験のその後を追っていたのだけど、中村教授の分析結果がいつまでも出ない。
ラジウムが出てしまうと決定的になるから、政府がイトカワの微粒子の研究やマグマの研究を中村教授に押し付けて、まあ早く言えば金で買収して、その結果を出させなかったとひねくれた見方をしてます。
ただラットの実験では年数が短いのでフェリチンの生成やその鉄分にラジウムが引き寄せられる時間的ものが正確には出ないからやむを得なかったのでしょうね。

川崎医科大学に引き継がれて「TBXAS1遺伝子発現の抑制」という形で進められていました。
この研究成果にも中村教授の名前が出てきませんが、しっかり読みこんでいこうと思います。
by ryu-ron (2018-12-13 10:46) 

ryu-ron

と思ったらKiura K 木浦教授の名前はけっこうありましたね。
やはりあの研究は活きていましたね。
by ryu-ron (2018-12-13 10:55) 

ryu-ron

ちょっと備忘録的に。岩波さん太っ腹ですね。今度借りる

岩波データサイエンス Vol.1
https://sites.google.com/site/iwanamidatascience/vol1/support_tokushu#TOC-Stan-1

のサポートページがあって、ハミルトニアン・モンテカルロの解説動画と説明文書まである。
https://drive.google.com/file/d/0Bw-J75fYQ33NaWxjb2VwMDU4cjg/view

今はさっぱりわかりませんが、今度はなんとか挫折しないようにせねば。
by ryu-ron (2018-12-14 17:59) 

ryu-ron

西尾先生のここ大事ですね。トリチウム問題
http://www.com-info.org/medical.php?ima_20181211_nishio

DNAの二重螺旋構造を形成している4つの塩基の一つであるアデニンの場合を示します。 β崩壊後はアデニンの分子構造も破壊され、その結果、DNA構造を破壊し、遺伝情報に影響を与えるのです。 こうした二重・三重の負担をDNAのレベルで与えるのですからいくらエネルギーが低くても安全な訳はないのです。

最近このあたりをこだわっております。
by ryu-ron (2018-12-16 11:16) 

ryu-ron

このトリチウム問題の大本は、私設原子力情報室さんところだったんですねえ。

トリチウムの恐怖(前編) ―
http://nucleus.asablo.jp/blog/2013/05/04/6799143

トリチウムの恐怖(後編) ―
http://nucleus.asablo.jp/blog/2013/05/04/6799155

トリチウムは、12.32年という半減期を経て、β線を出しながらヘリウム3に変わります。このトリチウムが、DNAの塩基対に組み込まれている水素だったらどうなるでしょうか?
突然、水素がヘリウムに変わってしまうわけですから、塩基対は壊れてしまいます。トリチウムによるDNAの塩基対の直接破壊です。もちろん、その部分の遺伝情報は破壊されてしまいます。

なるほどです。

私設原子力情報室さん 現在こちらに移転していますね。
https://no-nukes.info/blog/

by ryu-ron (2018-12-18 16:48) 

ryu-ron

先月長崎であった放影研のシンポジウムでけっこうセシウムボール関連の発表があってますね。

http://www.jrrs61-nagasaki.jp/files/program.pdf
WS11-4 不溶性セシウム粒子による細胞影響

ここが気になりますね。
by ryu-ron (2018-12-20 18:37) 

ryu-ron

抄録集がありました。
http://www.jrrs61-nagasaki.jp/members/abstracts.pdf
ひょっとしてええごかな。

40ページ ありがたい日本語です。

福島原発事故によって拡散した放射性核種の中に、不溶性粒子の
形態で放出された放射性セシウムが含まれている。不溶性セシウ
ム粒子が再浮遊して体内に取り込まれると、水溶性と比べて長い時
間、局所的な内部被ばくの要因となることが予想される。本研究で
は、不溶性セシウム粒子周辺の正常ヒト細胞におけるDNA二重鎖切
断の誘発について検討した。
 不死化させた正常ヒト二倍体上皮細胞 (RPE1-hTERT)と、旧警
戒区域内で採取した不溶性セシウム粒子(放射性粒子)を共培養し
た。過去に土壌から抽出した中でもサイズが大きく、高い放射能を
もつ粒子を使用した。不溶性セシウム粒子と類似した組成をもつ、
非放射性模擬粒子を人工的に作成し、対照実験で使用した。共培養
したRPE1-hTERTの生細胞イメージングを行い、放射性粒子に近接
する領域の細胞でのみ細胞増殖が遅延していた。53BP1を指標にす
ると、使用した放射性粒子から少なくとも1cm以内の範囲にある細
胞でDNA二重鎖切断(DSB)が誘導されていた。フォーカス数は放
射性粒子からの距離と共培養時間に依存し、粒子に近いほど多く、
また培養時間が長くなるとフォーカス数が増加した事から、DSBが
蓄積する様子が観察された。実験系を粒子・重イオン輸送モンテカ
ルロ計算コードのPHITS上で再現し、放射性粒子周辺細胞の吸収線
量を評価した。放射性粒子から1 cm離れた領域の吸収線量率は実
験的に極めて低い線量率であると評価されたが、実際には線量評価
結果から推定される損傷数よりも多い53BP1フォーカスが検出され
た。放射性粒子による線量分布は一様でないために、比較的高い線
量を被ばくした細胞が周辺細胞に何らかの影響を及ぼす可能性が考
えられた。 不溶性セシウム粒子、細胞影響、福島原発事故

難しいけど頑張って読みます。

by ryu-ron (2018-12-20 18:48) 

ryu-ron

こちらもモンテカルロが出ていたので

WS11-2 放射性微粒子を用いた細胞実験条件の被曝線量評価

 福島原発事故によって大量の放射性物質が放出され、陸地・海洋
を広く汚染した。放出された放射性物質の中には、高い放射性Cs
濃度を示し、酸化ケイ素を主成分とする放射性微粒子が含まれてい
ることが報告されている。また、この放射性微粒子の大きさは、数
μm~100μmの大小さまざまな粒径が報告されている。酸化ケイ
素が主成分のため不溶性を示し、小さな微粒子は再浮遊して体内に
取り込まれると、長時間同じ場所に留まり、局所的な内部被ばくの
要因となることが予想される。現在、東北大学において、放射性微
粒子を用いた細胞実験が行われている。放射性微粒子による被曝影
響を議論するためには、線量を評価する必要があることから、広
島大学では、ディッシュ上に放射性微粒子を配置した条件で細胞照
射する場合について線量評価を実施した。 計算にはPHITSコード
を利用した。放射性微粒子を模擬した150μmと500μm径のSiO2
を線源とし、ディッシュ中の10μm厚さを仮定した細胞層上に配置
した。線源から134Csと137Csから放出されるγ・X線を考慮した
光子およびβ線・内部転換電子・オージェ電子を発生させ、細胞層
への付与エネルギーを半径の関数として計算した。この計算結果か
ら、ディッシュ上の放射性微粒子からの距離の関数として線量率を
決定した。得られた線量率を確認するため、空気衝突カーマ率定
数を用いて計算した放射性微粒子から1cmの距離のγ線量率と比較
した。その結果、PHITS計算で求めた距離1cmの距離での線量率は、
空気衝突カーマ率定数を用いて計算した値と良い一致を示した。放
射性微粒子近傍の線量率は、β線の寄与が急激に上昇し、微粒子
直下では134Csと137Cs 共に1mGy/(h・Bq) 以上の高線量率を示し
た。細胞実験で観察できそうな微粒子から1mm程度離れた場所で
は、134Csでおおよそ0.4μGy/(h・Bq)と137Csでおおよそ0.3μ
Gy/(h・Bq)であった。 放射性微粒子、線量評価、モンテカルロ

PHITSコードがモンテカルロ法を使っているのですね。
by ryu-ron (2018-12-21 10:13) 

ryu-ron

にCRISPR/Cas9も出てきますねえ。
85ページが被曝と関係がありますが
P3-11 被ばく染色体とDNA2本鎖切断の転座を検出する実験系確立の試み

マウス細胞に被ばくヒト染色体と非被ばくヒト染色体の2本を移入した後、非被ばくヒト染色体上にCRISPR/Cas9システムを用いてDSBを導入する実験系の確立を試みた。

うーわからん。
by ryu-ron (2018-12-22 12:02) 

ryu-ron

冬眠中につき新記事も三日のアベ政治もなくて申し訳ありませんが、今年もよろしくお願いします。
なかなかハミルトニアンモンテカルロまで進まないのですが、年末から量子生物学とか量子生命科学の世界にこだわっております。
https://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%83%88%E3%83%B3%E3%83%8D%E3%83%AB%E5%8A%B9%E6%9E%9C#%E9%87%8F%E5%AD%90%E7%94%9F%E7%89%A9%E5%AD%A6
トンネル効果の説明の中に出てくるのですが

その他の量子トンネル由来の変異が老化や癌化の原因であると考えられている[19]。

ここに放射線の影響を感じております。

冬眠から覚めたらなんか書きましょう。
by ryu-ron (2019-01-04 10:43) 

ryu-ron

あれもこれも手は出せないので部位も肺門リンパ節に特化して考えようと思うのですが、以前何度か取り上げたこの論文

福島原発事故により放出された放射性微粒子の危険性
http://hibakutokenkou.net/uploads/report20160321084313.pdf

初期段階でかなり深い考察をしていただいておりました。

28ページ

放射性微粒子が肺の奥深くまで到達し、そこに長く留まり、放射線を出し続けたならば、肺がんを始め、肺線維症なども含めた肺疾患を引き起こすであろう。しかし、放射性微粒子が肺には留まらず、肺胞マクロファージなどの食細胞に捕捉された後、肺門部(左右両肺の内側の中央部にあって気管支・肺動脈・肺静脈が出入りする部位)や縦隔(胸腔内の中央にあり左右の肺を隔てている部分)のリンパ節などに長期に留まれば、悪性リンパ腫を発症する可能性があり、血流を介して骨髄に到達すれば、白血病や多発性骨髄腫などを引き起こす可能性がある。

この可能性を確率でどう表すことができるかですねえ。
by ryu-ron (2019-01-04 11:12) 

ryu-ron

やっぱりフクイチ周辺では増えていますね。
http://blog.takarajima.tkj.jp/archives/1954779.html
■原発直近で被曝した人々に「悪性リンパ腫」多発の兆し

避難7町村における悪性リンパ腫死者数は、09年4人、10年7人、11年2人、12年6人、そして13年の9人である。原発事故以降は「毎年3人ずつ」の白血病とは様子が異なり、死者の実数で増加している。

14年以後を追わねばなりますまい。

by ryu-ron (2019-01-04 12:33) 

ryu-ron

http://www.erca.go.jp/suishinhi/seika/pdf/seika_1_h30/5-1501_2.pdf
このPDFは非常に重要ということでDLはしていたのですが、ページ数も多くなかなか大変です。

90ページ目(下に書いてるページでは87ページ)コンパートメントモデルとやらには疑問がありますので、別の手法でやろうと考えてるだけで、まあいつになるやら。

ひとつ気になっているのが2017年3月の
http://www.jhps.or.jp/pdf/20170324-symp.document.pdf
で54ページをみてからモンテカルロ法チャレンジを決めたのですが、それはいいとして松本氏の肺門リンパのグラフに関する部分は、去年の報告には反映されてませんね。

ベースはこれのようですが、じっくり見比べていかねばなりますまい。
http://www2.nsr.go.jp/data/000206874.pdf


先程の松本氏によるプレゼンの54ページシミュレーション手順のところに出てくるDCALですが、ぐぐってみると真辺氏の名前がでてきて、なんとフクイチ爆発の三日前の文書ではないですか。この時期はセシウムによる内部被曝など想定してなかったんでしょうね。
https://www.jstage.jst.go.jp/article/radioisotopes/60/9/60_9_375/_pdf
8ページ目の4-6 摂取経路による違いのまとめの部分は参考になります。

と、昨日書く予定だったものをアップしておきます。
今週は忙しいぞー
by ryu-ron (2019-01-07 09:05) 

ryu-ron

ツイ禁やぶるとどこぞのおばさんがごにょごにょ言うので続きはこっちに。

長崎大学が別に論文を発表してたようですね。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5315723/

こんなのもひっそりとやられているのですねえ。

被爆者における広島と長崎の原爆の放射線影響を十分に理解するためには、爆弾から直接受ける最初の放射線に加えて、土壌や他の物質中の中性子誘発放射性同位元素からの放射線を考慮する必要があります。これは、爆発後すぐにこれらの都市に移動し、おそらく活性化された放射性「粉塵」を吸入した人々に対する放射線リスクを評価するために重要であるかもしれません。

グーグルさん 訳がこなれてきてまうすね。量子コンピュータ使いだしたのかな。
by ryu-ron (2019-01-07 10:25) 

ryu-ron

こっちがパート1でしたね。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28188481
要約部分のみですが
数学的ラットファントムを使用してMCNP-4Cモンテカルロで計算された光子および電子への内部被曝の吸収率に基づいて行われた

手法はICRP的な感じですが。
by ryu-ron (2019-01-07 12:05) 

ryu-ron

今シュレディンガーの生命とは何かをふとんの中で読んでるのですが、
といってもほんとに冬眠してるわけでなくて、目が早く覚めた時なのですが、やっぱ超人ですね、この人は。

予習になるのでこちら読ませていただきます。
https://blog.sun-ek2.com/entry/2018/12/29/133617

ハイトラー‐ロンドンの理論
https://kotobank.jp/word/%E3%83%8F%E3%82%A4%E3%83%88%E3%83%A9%E3%83%BC%E2%80%90%E3%83%AD%E3%83%B3%E3%83%89%E3%83%B3%E3%81%AE%E7%90%86%E8%AB%96-1576581

なにやらこれが大事なそうな。
by ryu-ron (2019-01-08 09:11) 

ryu-ron

ちょっとこれを
https://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%83%81%E3%82%A7%E3%83%AB%E3%83%8E%E3%83%96%E3%82%A4%E3%83%AA%E3%83%BB%E3%82%A8%E3%82%A4%E3%82%BA

胸腺は放射線や副腎皮質ホルモンなどに暴露されると萎縮するが特にT細胞を盛んに産出している時期は感受性が高い。胸腺中のリンパ球が最も多いのは思春期(10代前後)でピーク時の胸腺は30~40gに達する。その後は急速に萎縮し脂肪組織に置き換わる。そのため胸腺は最も老化の早い器官[6]といわれる。逆にいえば胸腺は発達が早く、たとえば、出生直後のマウスで胸腺摘出を行うと、マウスは免疫不全に陥るが、成熟マウスで摘出をしても免疫系に影響は少ない。これは、成熟した個体では十分なT細胞のプールができ、末梢でもリンパ球が生理的増殖を行うようになるからである[6]。詳細は「胸腺」を参照のこと

福島では食べ物から摂取したセシウムが胸腺にたまるでしょうが、セシウムボールが肺門リンパに行った場合はその4パーセントは胸腺にたまるとなっています。
http://www.jhps.or.jp/pdf/20170324-symp.document.pdf
56ページ右下

説明を受けないとわからない部分ですが、悪性リンパ種とか白血病は最悪の場合であって、

https://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%82%BB%E3%82%B7%E3%82%A6%E3%83%A0137#%E7%94%9F%E4%BD%93%E3%81%AB%E5%AF%BE%E3%81%99%E3%82%8B%E5%BD%B1%E9%9F%BF
によれば

ヘルパーT細胞を含むリンパ球のT細胞系が作れなくなり、B細胞に抗体グロブリンを作るように命令してくれるはずのT細胞が存在しないので、血中の免疫グロブリンの数が激減してしまう、等と述べられている

これによる免疫機能の低下が危ぶまれますね。
by ryu-ron (2019-01-08 13:18) 

ryu-ron

これも重要な資料でした。
http://www.jhps.or.jp/upimg/files/20180319_JHPS_Sympo_1.pdf
去年の日本保健物理学会シンポジウム I で、一昨年に続いて、不溶性粒子と短半減期核種を扱ってます。
35ページの真辺 健太郎1、松本雅紀2のお二人の分が気になっております。松本氏は前年のとはかなり違うのでサブに回ったのかな。

確率論的体内動態法(Stochastic Biokinetic Method)を開発

どういう手法なのかいまいちわかりません。

後の方の 短半減期核種の内部被ばくも気になるのですが、英語の部分が多いですね。
原爆のときのようなマンガンのようなことはありえなかったのか?
格納容器内の埃には中性子もあたって水素爆発で外にでてるとすれば同じような現象があってもおかしくないのですが。
ヨウ素、テルルが主体ですね。
by ryu-ron (2019-01-09 08:47) 

ryu-ron

昨日 生命とは何かを読んでて気になってた「量子の飛躍」
松岡さんの書評にでてきてましたな。
前に印刷してたのにあんまり読んでなかった。
https://1000ya.isis.ne.jp/1043.html

かつて湯川秀樹は『わが世界観』を愛読して、せめてシュレディンガーをあと5歩進めようとして、自身の素領域仮説をインド哲学から老荘哲学のほうに振ったものだった。いま、この二人の量子飛躍に満ちた振子をうけつぐ者が、いないのだ。

なるほどなあ。
by ryu-ron (2019-01-09 09:51) 

ryu-ron

ここもありがたい。
http://kkyamasita.hatenadiary.jp/entry/20070816/1187218117

放射線レベルのエネルギーを一度にあびる可能性は、原爆や原子力発電所の爆発など強い爆発反応を伴う現象からしか、ないだろうから、今の日本では、非常に低いことになる。

現に福島で起きたし、広島長崎も終わってない。
あ 2007年8月の記事ですね。
by ryu-ron (2019-01-09 09:59) 

ryu-ron

マンガンは過去とりあげてましたね。
https://ryukei-rondan.blog.so-net.ne.jp/2016-01-09
ここはコメントだけですが、こちらは記事で。
https://ryukei-rondan.blog.so-net.ne.jp/2016-04-07

ラット実験記事も含めてこちらでわかりやすくまとめていただいてます。

福島山口いのちの会さん nemさんからツイッターで教えていただきました。
https://ameblo.jp/hukusimayamagutisoraumi/entry-12298884696.html
by ryu-ron (2019-01-09 12:20) 

ryu-ron

量研機構はここまでやってるではないですか。

DNA損傷の複雑さを決める極低エネルギー電子の新たな役割を解明
-放射線照射により生体の遺伝子情報はどのように変質するのか-
http://www.qst.go.jp/information/itemid034-003809.html

ごくまれに修復されにくいナノメートルレベルで局在化したDNA損傷(クラスター損傷1))が生じ、その結果遺伝子情報が変質すると考えられています。クラスター損傷により生じる化学的な変異部位についての正確な構造や生成のプロセスについては、未だ解明されていません。

こっちは前にもみていたが

量研(QST)における量子生命科学研究
http://www.mext.go.jp/b_menu/shingi/gijyutu/gijyutu2/089/shiryo/__icsFiles/afieldfile/2018/08/14/1408106_4.pdf

もうセシウムボールの遺伝子影響ほんとはわかってるのでしょうね。
by ryu-ron (2019-01-12 12:09) 

ryu-ron

これだ、これ。
どこで発表されたのでしょう。

http://molsci.center.ims.ac.jp/area/2013/pdf/3D03_w.pdf

プロトン移動ダイナミクスの理論的研究 ... 放射線が生体に照射されると DNA の損傷が起こることはよく知られている事実である。この ... その結果、DNA の放射線 ... 動力学計算には核を量子的に扱うリングポリマー分子動力学計算(RPMD)を選択した。 ... 子化およびトンネル効果がプロトン移動反応に重要な役割を果たしていることを示唆している。

PDFはコピーアウトか。
by ryu-ron (2019-01-12 12:22) 

ryu-ron

トンネル効果に関してはイギリスのジム・アル・カリーリという人が「量子力学で生命の謎を解く」という本を出してるのですが、県立図書館にも置いてないのでちと思案中です。

こういう動画もあるんですがね
https://www.ted.com/talks/jim_al_khalili_how_quantum_biology_might_explain_life_s_biggest_questions?language=ja

もうひとつ日本人で中田力という方が
科学者が読み解く日本建国史 (PHP新書)
という本の中で非線形シュレディンガー方程式とDNAの関連を書いてるのですが、残念ながら去年亡くなったようですね。
これまた県立に置いてない。

https://www.amazon.co.jp/%E7%A7%91%E5%AD%A6%E8%80%85%E3%81%8C%E8%AA%AD%E3%81%BF%E8%A7%A3%E3%81%8F%E6%97%A5%E6%9C%AC%E5%BB%BA%E5%9B%BD%E5%8F%B2-PHP%E6%96%B0%E6%9B%B8-%E4%B8%AD%E7%94%B0-%E5%8A%9B/dp/4569820212/ref=sr_1_1?ie=UTF8&qid=1547343006&sr=8-1&keywords=%E7%A7%91%E5%AD%A6%E8%80%85%E3%81%8C%E8%AA%AD%E3%81%BF%E8%A7%A3%E3%81%8F%E6%97%A5%E6%9C%AC%E5%BB%BA%E5%9B%BD%E5%8F%B2
中古が高いな

https://books.google.co.jp/books?id=KaTPcL3F9_8C&pg=PA33&dq=%E9%9D%9E%E7%B7%9A%E5%BD%A2%E3%82%B7%E3%83%A5%E3%83%AC%E3%83%87%E3%82%A3%E3%83%B3%E3%82%AC%E3%83%BC%E6%96%B9%E7%A8%8B%E5%BC%8F%E3%80%80%E9%81%BA%E4%BC%9D%E5%AD%90&hl=ja&sa=X&ved=0ahUKEwjFq4LakuffAhXaFYgKHRsKBrwQ6AEILTAB#v=onepage&q=%E9%9D%9E%E7%B7%9A%E5%BD%A2%E3%82%B7%E3%83%A5%E3%83%AC%E3%83%87%E3%82%A3%E3%83%B3%E3%82%AC%E3%83%BC%E6%96%B9%E7%A8%8B%E5%BC%8F%E3%80%80%E9%81%BA%E4%BC%9D%E5%AD%90&f=false
部分的には読めますが、やっぱ新書の中なのでかなり省かれています。
by ryu-ron (2019-01-13 12:51) 

ryu-ron

最初の方のコメントにでてきたソリトンがDNAに関係していると思ったら
https://eprints.lib.hokudai.ac.jp/dspace/bitstream/2115/41977/1/130_43-54.pdf

非線形シュレディンガー方程式でもソリトンが重要な役割
https://ja.wikipedia.org/wiki/%E9%9D%9E%E7%B7%9A%E5%BD%A2%E3%82%B7%E3%83%A5%E3%83%AC%E3%83%87%E3%82%A3%E3%83%B3%E3%82%AC%E3%83%BC%E6%96%B9%E7%A8%8B%E5%BC%8F

中田力氏がいわんとしたことはなにやらここになってくるのだろうとは思いましたが難しすぎてまだまだですね。

ソリトンは
https://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%82%BD%E3%83%AA%E3%83%88%E3%83%B3
パルス状の波動ですか。

生物学におけるソリトン
細胞性粘菌の一種であるキイロタマホコリカビのある変異株が示す波状の多細胞体運動が示す挙動がソリトンの性質を備えていることが、2013年に桑山秀一博士らによって報告された[6]。細胞性粘菌の野生株は飢餓状態において走化性運動により集合し、ナメクジ状の多細胞体を経て子実体形成を行うが、ソリトン波様の多細胞体運動を示す変異株は走化性を欠き、子実体形成を行うことができず、波模様の塊を形成する。この波模様の塊は形を崩さずに一定の速度で運動し、衝突後も形を崩すことなく互いに通り抜けてしまう。

なんかトンネル効果と関係ありそう。
by ryu-ron (2019-01-14 14:37) 

ryu-ron

九大のこれはみていたのに書いてなかった
http://www.asem.kyushu-u.ac.jp/qq/qq02/NLS.pdf
ずばりトンネル効果がでてきますが、理解できるかな。

2. 初期波数を与えて非線形シュレディンガー方程式のソリトン解の運動を調べた。その結果、ソリトンのトンネル効果、ギャップソリトンの奇妙な運動、回転系のラーマー運動など古典力学、電磁気学、量子力学などでこれまで知られている物理現象のソリトン版が生じることを確認した。

むむ難しい。
by ryu-ron (2019-01-14 14:46) 

ryu-ron

シュレディンガーの「生命とは何か」の解説に出てくる福岡教授の「生物と無生物の間」をちょいと借りて、気になったのが、シェーンハイマーの動的平衡、今朝調べてみるとノーベル賞の大隅教授のオートファジーがこれを支えるとあって、ますます京産大の研究が注目されると思った次第。
https://www.sotokoto.net/jp/essay/?id=162
はええとこ加計獣医学部をつぶして、京産大理事会、教授会がその気になるようにもっていかねばなりますまい。
by ryu-ron (2019-01-15 08:44) 

ryu-ron

先日の埼玉大学の
http://molsci.center.ims.ac.jp/area/2013/pdf/3D03_w.pdf
を印刷してしかと読んだつもりだが、最初の10行までぐらいしかわかりませんでしたね。
イオン化エネルギー 以下でDNA損傷 で検索すると
Spring8の
http://www.spring8.or.jp/ja/news_publications/press_release/2012/121116/
これがトップにでてきました。

X線しかでてきませんが、セシウムのβ線でも当然影響は出ますね。
by ryu-ron (2019-01-17 09:55) 

ryu-ron

このブログの本文で取り上げた佐藤達彦氏らのプレゼンPDFでは
http://anshin-kagaku.news.coocan.jp/hobutsu2018.1satoh.ppt.pdf
10ページ

Csボールは細胞内に取り込まれないので,線量の細胞内不均一性はほとんどない

これが決めてのようですね。

森口先生のここがでてきた。
http://www.mdsweb.jp/doc/1523/1523_08b.html

原子力規制委員会検討チーム参画の森口祐一東大大学院教授は「飛程は短いが半減期の長い“アルファ線”を出す放射性粒子が臓器にくっついた場合(の内部被ばく)が懸念されてきた。(しかし)数センチしか放射線が飛ばず、ピンポイントで放射線が当たった細胞だけ死滅するため“がん化”は少ない…セシウムが発する“ベータ線”は飛程が長い。一定範囲の細胞に放射線が当たり続けることで、ある範囲の複数の細胞への影響が問題視されている」(『ママレボ』2018年4月号)。それでも人間の体には抵抗力があり、異変にはつながらないだろうという見方もあるが、「軽々に結論づける問題ではないので、今後しっかり見極めていく必要がある」(同上)と述べている。

先生慎重ですな。
by ryu-ron (2019-01-17 10:12) 

ryu-ron

この抵抗力が福岡教授の「動的平衡」かな。

ところがトンネル効果では
https://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%83%88%E3%83%B3%E3%83%8D%E3%83%AB%E5%8A%B9%E6%9E%9C#%E9%87%8F%E5%AD%90%E7%94%9F%E7%89%A9%E5%AD%A6
プロトンの通常位置からの移動は互変異性遷移と呼ばれる。このような状態でDNAの複製が始まった場合、DNA塩基対の会合則が乱され、変異が起こりうる[18]。ペル=オロフ・レフディン(英語版)が初めて二重螺旋中における自発変異を取り扱うこの理論を構築した。その他の量子トンネル由来の変異が老化や癌化の原因であると考えられている

難しいけど、
https://books.google.co.jp/books?id=IJDvyNVeBiYC&redir_esc=y
この本によれば「DNA塩基対の会合則が乱され、変異が起こりうる」ということなので、従来の放射性物理や放射性生物学で割り切れるとは限らないようですが。
by ryu-ron (2019-01-17 10:20) 

ryu-ron

ウィキペディアの注の18にあたる論文を
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/8111728
グーグルさんを便りに翻訳してみてるのですが、

癌の起源における進化、量子力学および点突然変異の役割

とタイトル部分は訳されます。ガンですからねえ。穏やかでない。
by ryu-ron (2019-01-17 10:40) 

ryu-ron

佐藤達彦さんはおととしのクローズアップ現代にもでていたのですがね。
https://www.nhk.or.jp/gendai/articles/3986/

日本原子力研究開発機構 佐藤達彦さん
「(粒子が)臓器内でどれくらい同じ場所に留まるかというような研究もやって行く必要があるんじゃないかという風に考えています。」

実際に不溶性放射性粒子を吸い込んだ可能性のある人のデータがあります。原発事故の際に被ばく量が多かった東京電力社員の調査です。体内の放射性物質の量を、定期的に調べたところ、赤で示したグラフ、胸の当たりの値が相対的に高くなっていることがわかりました。

線量の細胞内不均一性に触れたのは違うメンバーかな
松谷 悠佑さん,真辺 健太郎さんもいるな。

松谷さんはこっちのメンバーでもある。

セシウムボール被ばくによる細胞核線量とDNA損傷の推定
https://jopss.jaea.go.jp/search/servlet/search?5062236

by ryu-ron (2019-01-17 15:01) 

ryu-ron

これが昨年末にでたニホンザルの被ばくの報告ですね。
https://www.tohoku.ac.jp/japanese/press_20181212_02_suzuki_web.pdf

これらの結果は、内部被ばく線量率の高い野生ニホンザル成獣における造血機能の低下を示唆し、原発事故後の周辺生物への影響を考える上で重要です。

セシウムボールはでてきませんが、同じ東北大学の鈴木正敏助教が代表でやっている研究でははっきりセシウムボールがでてきます。
https://www.kenkyu.jp/nuclear/result/h29/document/H29eichi_houkokukai_shiryo_poster26.pdf

この領域に存在する細胞形態は扁平化・巨大化する傾向にあり、セシウムボールに接していない領域の細胞形態とは顕著な変化が観察された。非放射性微粒子との共培養においては微粒子に近接した領域で細胞分裂の抑制や形態変化は観察されなかった事から、セシウムボール共培養で観察された変化は放射線による影響の可能性が考えられる。

by ryu-ron (2019-01-17 17:29) 

ryu-ron

こちらは衝撃的です。
https://level7online.jp/2018/%E8%A2%AB%E6%9B%9D%E3%83%8B%E3%83%9B%E3%83%B3%E3%82%B6%E3%83%AB%E3%81%AF%E8%A8%B4%E3%81%88%E3%82%8B/
被曝ニホンザルは訴える

結果は衝撃的だった。事故後の胎仔は成長が遅く、とくに脳の成長が遅れていたのである。

また脳の容積を事故前後で比べると、事故後のサルの胎仔は脳の発達が遅れていることが分かる。グラフの横軸は座高、縦軸の数字は脳の縦と横の長さを掛け合わせた値で、脳の容積に比例することが羽山教授らの研究で明らかになっている。

除染をやったからといって人間への影響もかなりあると考えないといけないでしょう。
by ryu-ron (2019-01-17 17:50) 

ryu-ron

トンネル効果と突然変異でこういうわかりやすいのがでてきた。
https://askjapan.me/q/Dna-36217708645

単一のDNA塩基内でのプロトン移動を伴うケト - エノール互変異性は、複製中の誤った対合および突然変異につながり得る。 これはtsttstによって提供された以前の引用と、遺伝学的解析入門からのこのセクションで触れられています。


https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK21897/
ええごだ

プロトン移動が「トンネリング」を構成するのに十分な距離を超えているかどうかの明確な声明は見つかりませんでした。

とのこと。またグーグル翻訳さんのお力を借りないといけない。

2つのうちより一般的な脱プリン化は、塩基とデオキシリボースの間のグリコシド結合の中断と、それに続くDNAからのグアニンまたはアデニン残基の喪失からなる(図16-7)。哺乳動物細胞は自然に37℃で20時間細胞発生期間において、そのDNAから約10,000プリンを失いC。これらの病変が存続すると、複製時に、結果として生じる無 プリン部位は元のプリンに相補的な塩基を特定することができないので、それらは重大な遺伝的損傷をもたらすであろう。。ただし、この章の後半で説明するように、効率的な修復システムにより無プリン部位が除去されます。(後述する)特定の条件下では、塩基を無プリン部位の反対側に挿入することができる。この挿入はしばしば突然変異をもたらすでしょう。

ここ大事だな。夏場にプリン体を失うことがあるが、

効率的な修復システムにより無プリン部位が除去されます。

これがセシウムによってどういう影響があるかですね。ICRPは、遺伝子も切断されるし、細胞も死ぬが修復される。から安心という。

でも修復されないクラスター損傷のようなこともある。夏のオリンピックにマラソンやトライアスロンで不幸にしてセシウムボールを吸引しそれが肺門リンパに留まった場合どうなるか?

そういう設定でなんか考えてみましょう。
by ryu-ron (2019-01-18 08:42) 

ryu-ron

あれ この前みた量研機構のあれか
http://www.mext.go.jp/b_menu/shingi/gijyutu/gijyutu2/089/shiryo/__icsFiles/afieldfile/2018/08/14/1408106_4.pdf
9ページで
③電離放射線による突然変異
生命とは何かでシュレディンガーの本が出てくる。

意識はしてるのでしょうがね。
by ryu-ron (2019-01-18 09:00) 

ryu-ron

http://www.jhps.or.jp/pdf/20170324-symp.document.pdf
48ページ
まえコメントの「線量の細胞内不均一性はほとんどない」の問題

この時は佐藤達彦さん単独の発表ですが、やっぱ佐藤さんの言った言葉のようですね。ボールそのものは入らないでしょうが、電子はどうなるのか?そこが量子生命科学の出番でしょう。
by ryu-ron (2019-01-18 18:09) 

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