So-net無料ブログ作成
  • ブログをはじめる
  • ログイン

RでStanとやらを使うつもり [統計学もどき]

もう2年以上前になるのですが

RでJAGSとやらを使うつもり 
https://ryukei-rondan.blog.so-net.ne.jp/2016-04-23

を書いたきりそのままになっておりました。統計学検定はどうなったと聞かれるのが怖く黙っておりましたが、受けておりません。まあ挫折に近い状態ではあるのですが、モンテカルロ法だけは気になってツイッターのプロフィールに書いてはみたものの、これまた1年経過するも やってません

まあねえ、加計問題が忙しくてそれどころじゃありませんと開き直ることもできるのですが、最近、セシウムボール関連で新しい情報が出てきだしたので、このままやるやる詐欺状態ではいけないと思い、

すんのかい せんのかい
すんのかい せんのかい
すんのかい せんのかい
すんのかい せんのかい

を千回繰り返して、とりあえずなにか使える環境を構えてから、昨日、今日とあれこれ試して、だめだったらあきらめようと思って、なんとか動いたのがRでStanのサンプルです。
結局 古いバージョンのRではRstan というパッケージが読みこめず、Rそのものを最新のものにして

Rstan でベイズ分析を行うための環境を作る方法メモ
http://hikaru1122.hatenadiary.jp/entry/2015/08/04/230000

こちらを参考にさせていただいてチャレンジしたところ、なんとかインストはできたようにある。
こちらのサイトにはありがたいことに本を買ってなくても試せるサンプルがある。
https://www.asakura.co.jp/books/isbn/978-4-254-12212-1/

いちおう書いてるとおりにやってみたのですがエラーが出た。

file(filename, "r", encoding = encoding) で:
ファイル 'data612.R' を開くことができません: No such file or directory
> scr<-"model612.stan"
> data <-list(N=N, x=x)
エラー: オブジェクト 'N' がありません

ああなるほどどうやら文字コードの問題だったようですね。また時間のある時にチャレンジしてみましょう。

一応 失敗ですが、なんか形になった記念にとったキャプチャをさらしておきます。
RStan.png

その後必要なファイルをマイドキュメントに全部コピーしたらうまくいきました。
stan成功.png

で 検索してましたら原子力安全推進協会の報告書が出てきました。
http://www.genanshin.jp/archive/praparameterstudy/data/JANSI-SPE-01.pdf

目次の9ページ

ベイズ統計ソフトの一つである Stan[8]では、ハミルトニアンモンテカルロ法(HMC 法、またはハイブリッドモンテカルロ法)[9]と呼ばれる手法を用いてこれらの問題に対処している。HMC 法は、解析力学におけるエネルギーを一般化座標と一般化運動量であらわすハミルトニアンを、確率分布と補助の任意の運動エネルギーを導入することで構築しており、このハミルトニアンの特性を利用して、高い採択確率や低い自己相関を持つサンプルを生成することを可能としている。

結果 Stanを使って正解のような感じですねえ。

これでなんとかなるというものではないのですが、どうもセシウムボールの内部被ばく あのICRPもバイスタンダー効果を認めざるを得ない状態になってるようです。
http://anshin-kagaku.news.coocan.jp/hobutsu2018.1satoh.ppt.pdf
15ージの下のまとめです。
baisutanda-.png

気が付いたらもう12月の2日になってしまって、ブログも月1維持がやっとの状態ですが、これも原発再稼働反対、福島被ばく問題に対する安倍政権への抵抗の証として、3日のアベ政治の日にアップすることにします。
sho_fj.jpg
nice!(6)  コメント(1) 

nice! 6

コメント 1

ryu-ron

ハミルトニアンと言うのどっちかといえば物理の世界なんですね。
https://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%83%8F%E3%83%9F%E3%83%AB%E3%83%88%E3%83%8B%E3%82%A2%E3%83%B3
またこの数式と格闘しだしたら、使いだすのが1年以上先になりそうなので、取りあえずサンプル動かして目を馴らしていきます。
by ryu-ron (2018-12-04 09:14) 

山口太郎

KSUは公募の基礎評価型、実質倍率9.9倍から10.3倍にアップ。他のまとな私大も高い倍率ですから加計だけが置いてけぼり状態ですね。加計獣医課程の入学者はゆるゆるの公募の人が多くから、教員は絶望感さえ感じているのでは、まあ、1期生は多浪生で少しはましな学生いたかもしれませんが。今年以降は、獣医予備校も加計は勧めない所があるようですし。
KSUは10月と12月の京大と共催との日本学術会議を無事にとり行うことや入試でピリピリしています。益川先生はKSUが獣医学部構想した時代にずっと理事(取締役)でしたし、京大ips研と太いパイプと言うか、京大再生医科学研究所の永田先生が京産のライフサイエンス学部を本格立ち上げしていますが、京大退官組の二人はリベラルなので、安倍さんの考え方とは相性悪いです。大学幹部の多くは政治的に無視透明、もしくは保守寄り(自民や野党だと前原さん寄り)ですが、自然科学系は京大退官組及びその人脈で来てもらった旧帝退官組が強いので、そう言う教授陣は世代的にだいたいリベラルですね。
by 山口太郎 (2018-12-08 14:23) 

ryu-ron

山口さん こんにちは。ツイ禁にしてるのですが、ブログも更新は年明け20日以降にしようと思ってます。
ちと締め切りのある仕事がそのあたりにありまして。

KSU期待してます。
最近こういうことにこだわってきました。
https://eprints.lib.hokudai.ac.jp/dspace/bitstream/2115/41977/1/130_43-54.pdf

DNAとハミルトニアンがずばり出てきた。京産大にもぐりこんで勉強したいが入れてくれませんね。
by ryu-ron (2018-12-12 09:13) 

ryu-ron

山口さん その獣医専門予備校の情報どこかにでておりますか?

現実を知らずにむなしい擁護をしている一群の人たちに知らせてあげねば。
by ryu-ron (2018-12-12 12:13) 

ryu-ron

仕事が忙しいといいながら集中できてないなあ。

中皮腫の発癌機構の解明と新規治療法開発
https://www.kawasaki-m.ac.jp/med/kenkyu/document/51717.pdf

探していた者が見つかったので、どっかに置いておかねばとここに書かせてもらいました。

岡山大学のラジウムホットスポット説の科研費でやった実験のその後を追っていたのだけど、中村教授の分析結果がいつまでも出ない。
ラジウムが出てしまうと決定的になるから、政府がイトカワの微粒子の研究やマグマの研究を中村教授に押し付けて、まあ早く言えば金で買収して、その結果を出させなかったとひねくれた見方をしてます。
ただラットの実験では年数が短いのでフェリチンの生成やその鉄分にラジウムが引き寄せられる時間的ものが正確には出ないからやむを得なかったのでしょうね。

川崎医科大学に引き継がれて「TBXAS1遺伝子発現の抑制」という形で進められていました。
この研究成果にも中村教授の名前が出てきませんが、しっかり読みこんでいこうと思います。
by ryu-ron (2018-12-13 10:46) 

ryu-ron

と思ったらKiura K 木浦教授の名前はけっこうありましたね。
やはりあの研究は活きていましたね。
by ryu-ron (2018-12-13 10:55) 

ryu-ron

ちょっと備忘録的に。岩波さん太っ腹ですね。今度借りる

岩波データサイエンス Vol.1
https://sites.google.com/site/iwanamidatascience/vol1/support_tokushu#TOC-Stan-1

のサポートページがあって、ハミルトニアン・モンテカルロの解説動画と説明文書まである。
https://drive.google.com/file/d/0Bw-J75fYQ33NaWxjb2VwMDU4cjg/view

今はさっぱりわかりませんが、今度はなんとか挫折しないようにせねば。
by ryu-ron (2018-12-14 17:59) 

ryu-ron

西尾先生のここ大事ですね。トリチウム問題
http://www.com-info.org/medical.php?ima_20181211_nishio

DNAの二重螺旋構造を形成している4つの塩基の一つであるアデニンの場合を示します。 β崩壊後はアデニンの分子構造も破壊され、その結果、DNA構造を破壊し、遺伝情報に影響を与えるのです。 こうした二重・三重の負担をDNAのレベルで与えるのですからいくらエネルギーが低くても安全な訳はないのです。

最近このあたりをこだわっております。
by ryu-ron (2018-12-16 11:16) 

ryu-ron

このトリチウム問題の大本は、私設原子力情報室さんところだったんですねえ。

トリチウムの恐怖(前編) ―
http://nucleus.asablo.jp/blog/2013/05/04/6799143

トリチウムの恐怖(後編) ―
http://nucleus.asablo.jp/blog/2013/05/04/6799155

トリチウムは、12.32年という半減期を経て、β線を出しながらヘリウム3に変わります。このトリチウムが、DNAの塩基対に組み込まれている水素だったらどうなるでしょうか?
突然、水素がヘリウムに変わってしまうわけですから、塩基対は壊れてしまいます。トリチウムによるDNAの塩基対の直接破壊です。もちろん、その部分の遺伝情報は破壊されてしまいます。

なるほどです。

私設原子力情報室さん 現在こちらに移転していますね。
https://no-nukes.info/blog/

by ryu-ron (2018-12-18 16:48) 

コメントを書く

お名前:
URL:
コメント:
画像認証:
下の画像に表示されている文字を入力してください。