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2018年11月03日| 2018年12月03日 |- ブログトップ

RでStanとやらを使うつもり [統計学もどき]

もう2年以上前になるのですが

RでJAGSとやらを使うつもり 
https://ryukei-rondan.blog.so-net.ne.jp/2016-04-23

を書いたきりそのままになっておりました。統計学検定はどうなったと聞かれるのが怖く黙っておりましたが、受けておりません。まあ挫折に近い状態ではあるのですが、モンテカルロ法だけは気になってツイッターのプロフィールに書いてはみたものの、これまた1年経過するも やってません

まあねえ、加計問題が忙しくてそれどころじゃありませんと開き直ることもできるのですが、最近、セシウムボール関連で新しい情報が出てきだしたので、このままやるやる詐欺状態ではいけないと思い、

すんのかい せんのかい
すんのかい せんのかい
すんのかい せんのかい
すんのかい せんのかい

を千回繰り返して、とりあえずなにか使える環境を構えてから、昨日、今日とあれこれ試して、だめだったらあきらめようと思って、なんとか動いたのがRでStanのサンプルです。
結局 古いバージョンのRではRstan というパッケージが読みこめず、Rそのものを最新のものにして

Rstan でベイズ分析を行うための環境を作る方法メモ
http://hikaru1122.hatenadiary.jp/entry/2015/08/04/230000

こちらを参考にさせていただいてチャレンジしたところ、なんとかインストはできたようにある。
こちらのサイトにはありがたいことに本を買ってなくても試せるサンプルがある。
https://www.asakura.co.jp/books/isbn/978-4-254-12212-1/

いちおう書いてるとおりにやってみたのですがエラーが出た。

file(filename, "r", encoding = encoding) で:
ファイル 'data612.R' を開くことができません: No such file or directory
> scr<-"model612.stan"
> data <-list(N=N, x=x)
エラー: オブジェクト 'N' がありません

ああなるほどどうやら文字コードの問題だったようですね。また時間のある時にチャレンジしてみましょう。

一応 失敗ですが、なんか形になった記念にとったキャプチャをさらしておきます。
RStan.png

その後必要なファイルをマイドキュメントに全部コピーしたらうまくいきました。
stan成功.png

で 検索してましたら原子力安全推進協会の報告書が出てきました。
http://www.genanshin.jp/archive/praparameterstudy/data/JANSI-SPE-01.pdf

目次の9ページ

ベイズ統計ソフトの一つである Stan[8]では、ハミルトニアンモンテカルロ法(HMC 法、またはハイブリッドモンテカルロ法)[9]と呼ばれる手法を用いてこれらの問題に対処している。HMC 法は、解析力学におけるエネルギーを一般化座標と一般化運動量であらわすハミルトニアンを、確率分布と補助の任意の運動エネルギーを導入することで構築しており、このハミルトニアンの特性を利用して、高い採択確率や低い自己相関を持つサンプルを生成することを可能としている。

結果 Stanを使って正解のような感じですねえ。

これでなんとかなるというものではないのですが、どうもセシウムボールの内部被ばく あのICRPもバイスタンダー効果を認めざるを得ない状態になってるようです。
http://anshin-kagaku.news.coocan.jp/hobutsu2018.1satoh.ppt.pdf
15ージの下のまとめです。
baisutanda-.png

気が付いたらもう12月の2日になってしまって、ブログも月1維持がやっとの状態ですが、これも原発再稼働反対、福島被ばく問題に対する安倍政権への抵抗の証として、3日のアベ政治の日にアップすることにします。
sho_fj.jpg
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